Kazuki est un jeune étudiant menant une vie tranquille jusqu'au jour ou il surprend un effroyable combat opposant un terrible monstre et une mystérieuse jeune fille nommée Tokiko. Pris de panique, Kazuki se lance dans la bataille au péril de sa vie pour essayer de la sauver. Touchée par le sacrifice de Kazuki, Tokiko décide de lui offrir une seconde vie via l'implant d'un Kakugané, une pierre issue de l'alchimie conférant une redoutable puissance à son détenteur. Kazuki découvre alors l'existence des homonculus dont l'unique but est l'extermination de l'humanité. Il décide d'utiliser la puissance de son Kakugané pour combattre au côté de Tokiko et rejoindre ainsi les rangs des alchimistes dont la mission est de protéger la Terre.
